La metodología de las casas de filosofía se centran entres escalones pedagógicos. El primero, de aprendizaje por contextos, lo que indica a la unidad de contenido en la que se aprende de otros filósofos y las escuelas más destacadas, esto bajo un proceso de experiencia sensitivo por repetición. El segundo, de aprendizaje técnico; en dónde se usan las diferentes modalidades de pensamiento en forma instrumental para resolver un problema o dilema concreto. El último, de elevación teoríca, en dónde se aprende a contemplar y filosofar a fin de crear una concepción propia sobre la esencia de las cosa. Todo lo anterior a fin de consolidar nuevos medios conductuales y nuevos sistemas de pensamiento en las personas que deseen formarse. Sobre lo anterior se destaca como ejes transversales: la correcta comunicación de ideas, la soltura de redacción y la lógica del pensamiento.